在城市绿地的维护管理中，变废物为营养，如返还枝叶、返还地表水补充地下水等就是最直接的生态设计应用。自然的自组织和能动性。自然是具有自组织或自我设计能力的。热力学第二定律显示，一个系统当向外界开放，吸收能量、物质和信息时，就会不断进化，从低级走向高级。进化论的倡导者托马斯亨利赫胥黎就曾描述过，一个花园当无人照料时，便会有当地的杂草侵入，最终将人工栽培的园艺花卉淘汰。
盖亚理论显示，整个地球都是在一种自然的、自我的设计中生存和延续的。一池水塘，如果不是人工将其用水泥护衬或以化学物质维护，便会在水中或水边生长出各种水藻、杂草和昆虫，并最终演化为一个物种丰富的水生生物群落。自然系统的丰富性和复杂性远远超出人为的设计能力。与其如此，不如开启自然的自组织或自我设计过程。自然的自设计能力，导致了一个新的领域出现，即生态工程化由传统工程是用新的结构和过程来取代自然，而生态工程则是用自然的结构和过程来设计的。
自然系统的这种自设计能力在水污染治理、废弃地的恢复（包括矿山、采石坑、采伐迹地等〕，以及城市中地方性生物群落的建立等方面都有广泛的应用前景。例如，景观设计师迈克尔范瓦肯伯格设计的通用米氏公司总部（位于明尼苏达州，明尼阿波利斯市）的项目中，设计师拟自然播撒草原种子，创造适宜于当地景观基质和气候条件的人工地被群落，每年草枯叶黄之际，引火燃烧，次年再萌新绿。整个过程，包括火的运用，都借助了自然的生态过程和自然系统的自组织能力。在废弃矿山的恢复中，除了常规的用植被来进行生态系统的恢复外，还可以利用地貌过程来开启自然恢复过程。
自然是具有能动性的。园林景观设计公司认为，从古到今的治水经验告诉我们对待洪水这样的自然力，需要因势利导而不是绝对的控制，古代的李冰父子在都江堰水利工程设计方面的成功之处，也在于充分认识自然的能动性，用竹笼、马槎、卵石与神为约，造就了川西平原的丰饶。大自然的自我愈合能力和自净能力，维持了大地上的山清水秀。湿地对污水的净化能力目前己广泛应用于污水处理系统之中。生态设计就是在表示充分利用自然系统的能动作用。
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